Rund ein Drittel des landwirtschaftlichen Einkommens der Schweizer Bauern kommt aus der Milchproduktion. Die Hälfte der Verkehrsmilch wird zu Käse verarbeitet, über eine Million Tonnen in gewerblichen Käsereien. Die dezentrale Struktur ermöglicht es, in handwerklichen Betrieben spezielle Produkte mit hoher Qualität herzustellen. Die meist örtlichen, übersichtlichen Kreisläufe sind bezüglich Ökologie optimal. Milch und Schotte werden nur über kurze Distanzen transportiert. Die dezentrale Milchverarbeitung schafft Arbeitsplätze und Einkommen in Randregionen und stärkt den ländlichen Raum.
Diese Stärken sind auf der anderen Seite ein grosses Problem vieler Betriebe. Dazu kommt die Sandwich-Position der Käsereien: Der Handel erwartet weitere Leistungssteigerungen, um bei den Käsepreisen mehr Spielraum zu haben und vor allem gegenüber ausländischen Produkten konkurrenzfähig zu sein. Auf der anderen Seite fordern die Bauern einen hohen Milchpreis. Dies hat in den letzten Jahren viele Käsereien zur Aufgabe gezwungen. Seit 1990 schloss ein Drittel aller Betriebe, wobei sich der Strukturwandel in den letzten zwei Jahren stark beschleunigt hat. Dabei gibt es Unterschiede zwischen den einzelnen Käsesorten.
Ein Problem, das zurzeit beim Emmentaler einmal mehr zu Tage tritt, vor dem aber auch andere Sorten nicht verschont sind, ist die Steuerung der Produktion. Viel rascher und konsequenter muss die Menge den Verkäufen angepasst werden. Die frühere Käseunion-Logik, wonach die überschüssige Milch zu Emmentaler verarbeitet wurde, muss definitiv abgelegt werden.
Naturkäse ohne thermische Behandlung der Milch kann nur dezentral hergestellt werden, sofern Spitzenqualität gefragt ist. Dabei haben diejenigen Produkte künftig die grössten Chancen, welche ein hohes Profil und wenig direkte Konkurrenz aufweisen. Die Ausgangslage ist da für Appenzeller und Gruyère besser als für Emmentaler, der auf der ganzen Welt industriell hergestellt wird. Der Schutz eines Käses und dessen Produktionsgebietes durch eine AOC unterstützt die Bestrebungen zur Profilierung, löst aber nicht alle Probleme.