Greenpeace-Experte Jan van Aken brachte die Problematik so auf den Punkt: "Man kann den Klimawandel nicht durch grossflächige Abholzung in Indonesien bekämpfen". Wenig später wurden die Resultate der Empa-Studie "Ökologische Bewertung von Biotreibstoffen"3 publiziert. Die Resultate der Studie waren für die Befürworter von Biotreibstoffen ernüchternd bis niederschmetternd. Wohl schneiden fast alle Biotreibstoffe bei den Treibhausgasemissionen gleich gut oder besser ab als die konventionellen Treibstoffe Benzin und Diesel. Aber nur Biotreibstoffe aus Abfallprodukten wie Altspeiseöl, Molke, Klärschlamm, Bioabfall und Gülle sowie aus Holz kamen bei der Ökobilanzierung unter Berücksichtigung der gesamten Umweltbelastung besser weg als konventionelles Benzin und Diesel. Befürworter von Bio­treibstoffen kritisierten denn auch die Empa-Studie. Die Hauptkritik ging dahin, dass die zunehmende Abnahme der fossilen Erdölvorräte in der Studie nicht berücksichtigt würde. Auch käme der Beitrag, den die Biotreibstoffe zur Reduktion der Treibhausgase und insbesondere zur Verrringerung der CO2-Emissionen leiste, bei der Studie zu wenig zur Geltung.
Weitere Kritiker der Studie finden, man komme bei anderen Annahmen auch zu anderen Resultaten. Insgesamt ist die Studie jedoch wissenschaftlich sehr fundiert, so dass sie international grosse Beachtung gefunden hat. Auch die Autoren der OECD-Studie zu den Auswirkungen der Förderpolitik von Biotreibstoffen beziehen sich für die ökologische Bewertung der Biotreibstoffe auf die Empa-Studie.
Die Autoren der Empa-Studie wandten für die Berechnung der Gesamtbilanz der einzelnen Biotreibstoffe zwei verschiedene Methoden an: Einerseits die Methode der ökologischen Knappheit nach Umweltbelastungspunkten (UBP 06), welche die Differenz der Umweltbelastungen zu den gesetzlich festgelegten Grenzwerten bewertet; andererseits die europäischen Methode Eco-indicator 99, welche die Schädigung der menschlichen Gesundheit und der Ökosysteme quantifiziert. "Beide Methoden zeigen das gleiche Bild", schreiben die Autoren. "Im Falle der tropischen Landwirtschaft ist es primär die Brandrodung von Urwäldern, welche grosse Mengen von CO2 freisetzt, eine erhöhte Luftbelastung bewirkt und massive Auswirkungen auf die Biodiversität hat.
In den gemässigten Breiten sind teils niedrige Flächenerträge, teils die intensive Düng­ung und mechanische Bearbeitung für eine ungünstige Umweltbeurteilung ausschlaggebend. Im Gegensatz zu den fossilen Treibstoffen lassen sich die Umweltauswirkungen von Biotreibstoffen aber durch gezielte Massnahmen deutlich verringern. (…) Die Studie zeigt auf, wie beispielsweise eine Reduktion des Methanschlupfs die Ökobilanz der Biogas-Produktion verbessern kann oder welchen Einfluss der Verzicht auf Brandrodung für die Ökobilanz von Biodiesel aus Palmöl hat". (3)